Laboratório de Espectrometria de Massas

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Sobre a instalação

O Laboratório de Espectrometria de Massas (MAS) permite a realização de experimentos que utilizam proteômica baseada em espectrometria de massas. O MAS oferece suporte técnico-científico em todas as etapas do projeto, incluindo-se delineamento experimental, preparo das amostras, análise de peptídeos utilizando o sistema de cromatografia líquida acoplado ao espectrômetro de massas e análise dos dados.

Submissão de propostas

Para utilizar o MAS é necessário submeter uma proposta no SAU Online. Em caso de dúvidas, entrem em contato com o Escritório de Usuários do CNPEM por meio do email edu@cnpem.br.

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Equipamentos

  • EASY-nLC II acoplado ao LTQ Orbitrap Velos ETD, Thermo Scientific
    • Recurso FAPESP/EMU: 2009/54067-3, adquirido em 2011: esse sistema integra o analisador de massas Orbitrap de alta resolução com a sensibilidade e rapidez do íon trap linear (LTQ), possibilitando experimentos altamente sensíveis e com resolução sub-ppm. O equipamento permite a aplicação de múltiplas técnicas de fragmentação, CID (collision-induced dissociation), HCD (higher-energy collisional dissociation) e ETD (electron transfer dissociation), tem sido dedicado para controle de qualidade de amostras, identificação, quantificação de proteínas em amostras complexas.
  • LC Evosep One acoplado ao Orbitrap Exploris 240, Thermo Scientific
    • Evosep: Recurso Saúde de Precisão, MS/CNPq, adquirido em 2024; Exploris 240: Recurso MCTI – Iniciativa de Combate a Viroses Emergentes, adquirido em 2021: o sistema combina a robustez e reprodutibilidade do LC Evosep One, voltado à alta produtividade e baixa variabilidade entre injeções, com o espectrômetro de massas Orbitrap Exploris 240, que oferece alta resolução, precisão de massa (<1 ppm), e versatilidade na aquisição de dados (DDA, DIA, PRM). Essa plataforma viabiliza a escalabilidade das análises proteômicas, mantendo sensibilidade e confiabilidade mesmo projetos de alta demanda analítica;
  • Vanquish Neo UHPLC acoplado ao Orbitrap Astral, Thermo Scientific
    • Recurso FAPESP/EMU: 22/11476-5, adquirido em 2024: o Orbitrap Astral é a mais nova geração de espectrômetro de massas de alta resolução, combinando três módulos: o quadrupolo de alta resolução, o analisador Orbitrap e o novo analisador Astral. Essa arquitetura híbrida permite aquisição de dados ultrarrápida, com alta cobertura do proteoma, sensibilidade femtomolar e quantificação robusta mesmo em amostras limitantes. Acoplado ao sistema Vanquish Neo UHPLCotimizado para nanofluxo e baixo volume, é ideal para aplicações como proteômica de célula única, análise de biópsias clínicas e identificação de modificações pós-traducionais em amostras complexas.
  • CellenONE X1, Scienion
    • Recurso FAPESP/EMU: 22/11476-5, adquirido em 2024: equipamento de microdispensação de última geração que combina captura baseada em imagem com dispensação acústica ultra-suave, possibilitando o isolamento preciso de células individuais e partículas subcelulares. É a ferramenta central para workflows de proteômica de célula única, garantindo integridade celular e reprodutibilidade para análises subsequentes.

Principais competências e técnicas

  • Proteômica e peptidômica em larga escala: Identificação e quantificação de proteínas e peptídeos em amostras complexas, com ou sem marcação isotópica (label-free, TMT, SILAC, etc);
  • Proteômica espacial: Análise de proteínas com resolução espacial preservada, por microdissecação à laser combinada com proteômica;
  • Análise de modificações pós-traducionais (PTMs): Mapeamento e quantificação de fosforilação, glicosilação, ubiquitinação, acetilação, entre outras;
  • Proteômica estrutural: Detecção de interações proteína-proteína e conformações e ligação cruzada;
  • Proteômica de célula única: Quantificação do proteoma em células isoladas individualmente, acoplada ao sistema CellenONE;
  • Proteômica computacional: Processamento, análise estatística e interpretação biológica de dados ômicos, utilizando ferramentas como Mascot, Peaks, MaxQuant;
  • Spectronaut, DIA-NN, Proteome Discoverer, FragPipe, Perseus, Skyline e plataformas customizadas de bioinformática.

conheça nossa equipe

Adriana Franco Paes Leme

Coordenadora

mas@lnbio.cnpem.br

Bianca Alves Pauletti

Especialista pleno

Romenia Ramos Domingues

Especialista Jr.

Sami Yokoo

Especialista Jr.